继2011年9月14日，国家税务总局发布《关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告》（国家税务总局公告2011年第49号）文件规定“《国务院办公厅转发国家税务总局关于全面推广应用增值税防伪税控系统意见的通知》（国办发[2000]12号）第三条中“凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证，已经抵扣税款的，由税务机关如数追缴，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚”规定废止。”。近日，国家税务总局针对逾期未申报认证的增值税抵扣凭证抵扣问题下发《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）文件。

    文件规定，对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。

    增值税一般纳税人由于除本公告第二条规定以外的其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣期限有关规定执行。

    这里所称增值税扣税凭证，包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和公路内河货物运输业统一发票。

    客观原因包括如下类型：

    （一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；

    （二）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；

    （三）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；

    （四）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；

    （五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；

    （六）国家税务总局规定的其他情形。

    上述规定本公告自2011年10月1日起执行。

    同时，为了规范逾期增值税扣税凭证抵扣，文件还制定了《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》（以下简称为“《办法》”）作为附件。

    文件要求纳税人申请办理逾期抵扣时，应报送《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》、增值税扣税凭证逾期情况说明；客观原因涉及第三方的，应提供第三方证明或说明；逾期增值税扣税凭证电子信息；逾期增值税扣税凭证复印件（复印件必须整洁、清晰，在凭证备注栏注明“与原件一致”并加盖企业公章，增值税专用发票复印件必须裁剪成与原票大小一致）。

    文件要求各地主管税务机关应认真审核纳税人所报资料，重点审核纳税人所报送资料是否齐全、交易是否真实发生、造成增值税扣税凭证逾期的原因是否属于客观原因、第三方证明或说明所述时间是否具有逻辑性、资料信息是否一致、增值税扣税凭证复印件与原件是否一致等。

    国家税务总局将对各地上报的资料进行审核，并对逾期增值税扣税凭证信息进行认证、稽核比对，对资料符合条件、稽核比对结果相符的，通知省税务机关允许纳税人继续抵扣逾期增值税扣税凭证上所注明或计算的税额。