近期，一些地区询问对金税工程发现的涉嫌违规增值税专用发票(以下简称发票)如何处理。经研究，现明确如下：
　　一、关于防伪税控认证系统发现涉嫌违发票的处理
　　目前，防伪税控认证系统发现涉嫌违规8共分“无法认证”、“认证不符”、“密文有误”、“重复认证”和“纳税人识别号认证不符(指发票所列购货方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符)”五种。
　　(一)凡防伪税控认证系统发现的上述五种涉嫌违规的发票，一律不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
　　(二)属于“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”和“认证不符”中的“发票代两号码认证不符(指密文与明文相比较，发票代码或号码不符)”的发票，税务机关应将发票原件退还企业，企业可要求销货方重新开具。
　　(三)属于“重复认证”的发票，应送稽查部门查处。
　　(四)属于“密文有误”和“认证不符(不包括发票代码号码认证不符)”的发票，应移交稽查部门处理。(已废止)
　　二、关于增值税计算机稽核系统发现涉嫌违规发票的处理
　　目前，增值税计算机稽核系统发现涉嫌违规发票共分“比对不符”、“缺联”、“抵扣联重号”、“失控”、“作废”、“缺红字抵扣联”等六种。
　　(一)凡属于增值税计算机稽核系统发现的上述涉嫌违规的发票，均不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
　　(二)属于“抵扣联重号”的发票，应送稽查部门查处。
　　(三)属于“比对不符”、“缺联”、“失控”、“作废”的发票，应移交稽查部门处理。
　　(四)属于“缺红字抵扣联”发票，暂不移交稽查部门。(已废止)
　　三、本《通知》自2001年10月1日起施行。此前有关规定与本通知的规定不符的，以本通知的规定为准。